Nederlandse Vereniging voor Klinische Chemie en Laboratoriumgeneeskunde
Find NVKC on TwitterFind NVKC on FacebookFind NVKC on YouTube

Laboratoriumonderzoek speelt bij 70% van de diagnoses een sleutelrol


Wij nemen uw bloed serieus!


PPO Database - projecten

Zoek op naar

 Onderzoekslijnen   Alle projecten   Alle publicaties en voordrachten   Instituten 
Project 342 Pre-analytische aspecten mbt de liquid biopsy (bloed/urine)
Onderzoekslijn Circulating tumor DNA in medical oncology
Omschrijving Isolatie van cf-T-DNA uit bloed en urine
Het circulerend celvrij DNA bestaat uit kleine DNA-fragmenten (100-180 basenparen) die vrijkomen bij necrose en apoptose van (tumor)cellen. Daar ze ontzettend klein zijn, zijn deze fragmenten uiterst kwetsbaar en is een goed ingerichte pre-analyse van deze monsters uiterst cruciaal. Op dit moment is hier weinig onderzoek naar gedaan en is er geen eenduidige evidence wat de best practice is. In het pre-analytisch proces kan men diverse aspecten onderscheiden:
1. Type Afnamebuis/opvangsysteem
2. Transport van afname-punt naar lab
3. Omgevingscondities tot verwerking (omgevingstemperatuur)
4. Tijd tot verwerking
5. Verwerking, o.a. centrifugatie, DNA-isolatie kit
6. Opslag van het geïsoleerde cf-T-DNA

Ad. 1 Afnamesysteem: Op dit moment zijn diverse afname- en opvangsystemen voor handen. Dit zijn de routine EDTA-buizen, en urine-potjes tot de speciaal voor deze toepassing ontwikkelde preservatiebuizen (zogenaamde Streck-, Paxgene- of Cellsave buizen). Deze variëren niet alleen in prijs maar ook in opwerkingstechniek. In dit project willen we de diverse systemen naast elkaar zetten en de meest geschikte voor in het routine-work up proces van de patiënt kiezen.

Ad.2 Transportcondities: in het logistieke proces van het laboratorium zijn diverse transportvariabelen. Hierbij dient men te denken aan b.v. het buizenpostsysteem, de dagelijkse ophaalronden door personeel van het lab, het zo spoedig mogelijk afleveren op het CITO-lab, maar ook de bode-dienst tussen de 2 locaties. Daarbij speelt ook het materiaal van het afnamesysteem een belangrijke rol: een glazen afname-buis transporteert men niet via de buizenpost. Ook hiervoor willen we de diverse variabelen naast elkaar zetten en onderzoeken wat de meeste gunstige logistieke transportprocedure is.

Ad. 3 Omgevingscondities: Uit de literatuur is bekend dat hoge omgevingstemperaturen (>30°C) de afbraak van DNA versnelt. Hoe groot dit effect is, en bij welke omgevingstemperatuur (18°C in de winter tot 30°C in de zomer) of transporteren in een koelbox (4°C) zal onderzocht worden in dit deel van het project.

Ad. 4 Tijd tot verwerking: Hier zijn grote variaties in. Er is literatuur waarin gesproken wordt dat de monsters binnen een uur na afname verwerkt dient te worden, vooral als deze in een routine EDTA-buis is afgenomen. Daarnaast zijn er ook studies die beweren dat dit tot zelfs 24 uur na afname kan. Daarnaast claimen de diverse leveranciers van de speciale afname-buizen dat de tijd tot verwerking kan lopen van 48 uur tot een week na afname. Nadat een keuze is gemaakt voor het meest geschikte afname-systeem (ad. 1) zal ook dit onderzocht dienen te worden.


Ad. 5. Verwerking: Het monster (volbloed of urine) dient voor verwerking afgedraaid te worden. Het is bekend dat de leukocyten in de tijd normaal circulerende DNA-fragmenten kunnen uitscheiden. Maar ook trombocyten bevatten nog DNA-resten die ze uitscheiden. Daarom wil men het plasma zo snel als mogelijk scheiden van de bloedcellen. Hierbij kan men kiezen uit een langdurige centrifugatie bij hoge toeren, maar veelal wordt een 2-staps centrifugatie aanbevolen: eerst lang bij langzame snelheid (bv 10 min bij 1500 g) gevolgd door een korte centrifugatiestap bij hoge snelheid (bv 5 min bij 3000 g). Voor zowel volbloed als ook urine is hier geen consensus over en zal dit in dit deel van het project onderzocht worden.

Daarnaast zijn er diverse cf-DNA-isolatiekits op de markt (Roche, Qiagen, Biogene etc). Deze kits verschillen zowel in opwerkprocedure, sensitiviteit en opbrengst, maar ook in prijs. In dit deel van het project zullen de diverse kits naast elkaar gezet worden, waarbij gekeken wordt naar opbrengst (hoeveelheid geïsoleerd cf-DNA), stabiliteit, benodigde tijd en prijs.

Ad. 6 Opslag: de bewaarcondities (bv bij -20 gr C of bij -80 gr C) als ook de geschikte manier van het slim verdelen van het geïsoleerde cf-DNA-materiaal zal onderzocht dienen te worden (met name om de invloed van vries-dooi-cycli te onderzoeken).

Voor elke stap zullen minimaal 25 samples restmateriaal bloed en 25 urine-samples van patiënten, die toch al verwezen waren naar medische oncologie voor of tijdens behandeling i.v.m. castraat resistent prostaatcarcinoom, nodig zijn. Daar het om restmateriaal gaat en dus geen extra ingreep bij de patiënt hoeft plaats te vinden, betreft het niet-WMO-plichtig onderzoek, en hoeft het alleen maar gemeld te worden bij het METC.
Projectleider Dr.ing. M.P.G.(Math) Leers
Instituut Zuyderland locatie Brunssum Brunssum
Trefwoorden cfDNA, ctDNA, DNA isolatie
Status Lopend
Periode 1-2019 - 1-2024
Partners Zuyderland MC: dr. R. Clarijs (patholoog), dr. F.v.d. Berkmortel (medisch oncoloog), dr. G. Bootsma (longarts)
MUMC+: prof.dr. E-J Speel (KMBP)
Medewerkers B. Jongen (gespecialiseerd medisch analist)
Financiering 1e Geldstroom - Intern

Publicaties